Sumber foto: Prabusakti, CC BY-SA 4.0
Pemeriksaan pajak dimulai ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menyampaikan Surat Pemberitahuan Pemeriksaan kepada Wajib Pajak atau wakilnya. Tahap ini berbeda dari pengawasan dan SP2DK. Dalam pemeriksaan, Pemeriksa Pajak telah diberi kewenangan untuk menguji pemenuhan kewajiban perpajakan atau menjalankan tujuan lain berdasarkan peraturan perpajakan.
Bagi Wajib Pajak, pemeriksaan tidak dengan sendirinya berarti terdapat pajak kurang bayar atau pelanggaran. Namun, pemeriksaan mengubah posisi administrasi: data, pembukuan, dokumen transaksi, dan penjelasan Wajib Pajak akan diuji secara formal maupun material. Cara Wajib Pajak mengelola komunikasi dan bukti sejak Surat Pemberitahuan Pemeriksaan diterima sering menentukan kualitas hasil pemeriksaan.
Ketentuan pemeriksaan yang berlaku saat ini berada dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 15 Tahun 2025 tentang Pemeriksaan Pajak. PMK ini menggantikan beberapa ketentuan pemeriksaan sebelumnya dan memperkenalkan tiga tipe pemeriksaan: Pemeriksaan Lengkap, Pemeriksaan Terfokus, dan Pemeriksaan Spesifik.
Pemeriksaan Bukan SP2DK
SP2DK merupakan instrumen pengawasan untuk meminta penjelasan atas data dan/atau keterangan. Pemeriksaan merupakan tahap yang berbeda. Pemeriksaan dilakukan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dan/atau untuk tujuan lain dalam rangka melaksanakan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan.
Pada pemeriksaan untuk menguji kepatuhan, DJP dapat meneliti antara lain SPT yang menyatakan lebih bayar, rugi, tidak atau terlambat disampaikan, transaksi afiliasi, data konkret, pemenuhan kewajiban tertentu, atau indikasi lain sesuai ketentuan. Pemeriksaan untuk tujuan lain dapat dilakukan, misalnya, dalam rangka pemberian atau pencabutan Nomor Pokok Wajib Pajak, pengukuhan atau pencabutan Pengusaha Kena Pajak, keberatan, pengumpulan bahan untuk penyusunan norma penghitungan, atau tujuan lain yang ditentukan peraturan.
PMK 15 Tahun 2025 membagi pemeriksaan untuk menguji kepatuhan menjadi Pemeriksaan Lengkap, Pemeriksaan Terfokus, dan Pemeriksaan Spesifik. Pemeriksaan Lengkap mencakup seluruh pos dalam Surat Pemberitahuan dan/atau Surat Pemberitahuan Objek Pajak secara mendalam. Pemeriksaan Terfokus menguji satu atau beberapa pos secara mendalam. Pemeriksaan Spesifik menguji satu atau beberapa pos untuk memenuhi tujuan pemeriksaan dengan ruang lingkup yang lebih terbatas.
Pemeriksaan Lengkap mempunyai jangka waktu pengujian paling lama lima bulan sejak Surat Pemberitahuan Pemeriksaan disampaikan sampai dengan Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan disampaikan. Pemeriksaan Terfokus mempunyai jangka waktu paling lama tiga bulan, sedangkan Pemeriksaan Spesifik paling lama satu bulan. Untuk kondisi tertentu, termasuk transaksi transfer pricing atau transaksi keuangan yang kompleks, jangka waktu dapat diperpanjang sesuai ketentuan PMK 15 Tahun 2025.
Surat Pemberitahuan Pemeriksaan adalah dokumen yang membedakan pemeriksaan dari pengawasan biasa. Setelah surat tersebut diterima, Wajib Pajak perlu segera memetakan ruang lingkup pemeriksaan, masa pajak, jenis pajak, dan dokumen yang relevan.
Hak dan Kewajiban Selama Pemeriksaan
Pemeriksa Pajak wajib memberitahukan pemeriksaan dengan menyampaikan Surat Pemberitahuan Pemeriksaan. Dalam Pemeriksaan Lapangan, Pemeriksa Pajak juga wajib menunjukkan Tanda Pengenal Pemeriksa Pajak dan Surat Perintah Pemeriksaan pada saat menjalankan pemeriksaan.
Wajib Pajak berhak memperoleh penjelasan mengenai alasan dan tujuan pemeriksaan, menerima Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP) beserta daftar temuan hasil pemeriksaan, memberikan tanggapan tertulis, menghadiri Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan, serta mengajukan permohonan pembahasan dengan Tim Quality Assurance Pemeriksaan apabila memenuhi ketentuan.
Di sisi lain, Wajib Pajak wajib memperlihatkan dan/atau meminjamkan buku, catatan, dokumen, data, informasi, dan keterangan yang diperlukan. Wajib Pajak juga wajib memberi kesempatan Pemeriksa Pajak mengakses atau mengunduh data yang dikelola secara elektronik, memberi kesempatan memasuki tempat atau ruang yang diduga digunakan untuk menyimpan dokumen atau barang yang dapat memberi petunjuk tentang kegiatan usaha, serta memberikan bantuan yang diperlukan dalam rangka kelancaran pemeriksaan.
Kewajiban tersebut tidak berarti Wajib Pajak harus menyerahkan seluruh dokumen tanpa pengendalian. Wajib Pajak perlu menetapkan satu koordinator pemeriksaan, mencatat setiap permintaan data, menyimpan salinan dokumen yang disampaikan, dan menjaga agar penjelasan dari fungsi finance, tax, legal, operasi, dan manajemen tidak saling bertentangan.
Untuk Wajib Pajak badan, permintaan data sering mencakup SPT, laporan keuangan, buku besar, mutasi bank, kontrak, invoice, bukti pembayaran, Faktur Pajak, bukti potong, dokumen transaksi afiliasi, dan korespondensi bisnis. Untuk Wajib Pajak orang pribadi, fokus pemeriksaan dapat mencakup sumber penghasilan, harta, utang, rekening, transaksi properti, kegiatan usaha, serta konsistensi data dengan SPT Tahunan.
Apabila pemeriksaan berkaitan dengan impor, ekspor, KEK, Kawasan Bebas, Kawasan Berikat, atau Tempat Penimbunan Berikat, dokumen kepabeanan perlu disandingkan dengan pembukuan serta pelaporan pajak. PIB, PEB, dokumen pengangkutan, invoice, packing list, PPBJ, PPKEK, PJKEK, IT inventory, dan dokumen pemasukan atau pengeluaran barang dapat menjadi bagian penting dari pembuktian.
Dari Temuan Sementara sampai Ketetapan Pajak
Setelah pengujian selesai, Pemeriksa Pajak menyampaikan SPHP yang dilampiri daftar temuan hasil pemeriksaan. SPHP bukan ketetapan pajak. Dokumen ini menyampaikan hasil sementara pemeriksaan dan memberi Wajib Pajak kesempatan untuk menjawab temuan sebelum pemeriksaan diselesaikan.
Berdasarkan PMK 15 Tahun 2025, Wajib Pajak diberikan waktu lima hari kerja untuk menyampaikan tanggapan tertulis atas SPHP. Jangka waktu ini lebih singkat dibandingkan pengaturan sebelumnya, sehingga dokumentasi dan rekonsiliasi tidak sebaiknya baru dimulai setelah SPHP diterima.
Apabila Wajib Pajak menyetujui sebagian atau seluruh temuan, persetujuan tersebut perlu dilandasi perhitungan yang dipahami dan dapat direkonsiliasi. Apabila Wajib Pajak tidak setuju, tanggapan tidak cukup menyatakan penolakan. Wajib Pajak perlu menjelaskan fakta, dasar hukum, metode penghitungan, dan bukti dokumen yang mendukung posisi tersebut.
Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan memberi ruang bagi Wajib Pajak untuk membahas hasil pemeriksaan sebelum Laporan Hasil Pemeriksaan disusun. Setelah proses pemeriksaan berakhir, DJP dapat menerbitkan produk hukum sesuai hasil pemeriksaan, termasuk Surat Ketetapan Pajak atau Surat Tagihan Pajak apabila terdapat dasar penerbitannya.
Contoh pertama: PT Cakra Niaga diperiksa atas SPT Tahunan PPh Badan 2024 yang menyatakan rugi fiskal. Pemeriksa Pajak mempertanyakan biaya jasa manajemen Rp6 miliar kepada afiliasi luar negeri. PT Cakra Niaga tidak cukup menyerahkan invoice dan kontrak. Perusahaan perlu membuktikan adanya manfaat jasa, laporan atau deliverables, dasar alokasi biaya, kewajaran mark-up, pemotongan PPh Pasal 26 apabila relevan, serta PPN atas pemanfaatan jasa dari luar Daerah Pabean.
Jika perusahaan hanya menyampaikan kontrak umum tanpa bukti penerimaan jasa, biaya dapat dipersoalkan. Sebaliknya, dokumentasi yang menunjukkan jenis jasa, pihak pemberi jasa, manfaat ekonomi, penggunaan hasil jasa oleh entitas Indonesia, dan rekonsiliasi pembayaran dapat memperkuat posisi Wajib Pajak.
Contoh kedua: Ibu Rani, Wajib Pajak orang pribadi, diperiksa atas SPT Tahunan yang melaporkan pertambahan harta berupa apartemen senilai Rp2,5 miliar. Data DJP menunjukkan pembayaran kepada pengembang lebih besar daripada penghasilan yang dilaporkan pada tahun pembelian.
Ibu Rani perlu menjelaskan sumber dana secara berurutan, misalnya hasil penjualan aset lama, pinjaman bank, dividen, warisan, hibah, atau penghasilan yang sebelumnya telah dilaporkan. Bukti yang relevan dapat berupa akta jual beli, rekening koran, perjanjian kredit, bukti pencairan pinjaman, bukti pembayaran pajak, dan SPT tahun-tahun sebelumnya. Penjelasan bahwa apartemen dibeli dari “tabungan” tanpa alur dana yang dapat dibuktikan biasanya tidak cukup.
Titik rawan dalam pemeriksaan sering muncul ketika data yang disampaikan ke DJP tidak selaras dengan dokumen yang tersedia di internal Wajib Pajak. Kesalahan lain adalah mencampur penjelasan komersial dengan penjelasan pajak tanpa membedakan masa pajak, jenis pajak, atau posisi hukum yang sebenarnya.
Wajib Pajak juga perlu membedakan pemeriksaan dengan pemeriksaan bukti permulaan. Pemeriksaan bukti permulaan dilakukan apabila DJP memperoleh bukti permulaan adanya dugaan tindak pidana di bidang perpajakan. Tahap ini memiliki dasar, tujuan, dan konsekuensi yang berbeda dari pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan.
Pemeriksaan bukan ruang untuk mengirim dokumen sebanyak mungkin. Yang dibutuhkan adalah dokumen yang tepat, penjelasan yang konsisten, dan pengendalian atas informasi yang disampaikan. Jika terdapat kesalahan pelaporan, pembetulan atau pemenuhan kewajiban perlu dievaluasi dengan mempertimbangkan status pemeriksaan, karena Pasal 8 ayat (1) Undang-Undang KUP mensyaratkan pembetulan atas kemauan sendiri dilakukan sebelum Direktur Jenderal Pajak melakukan tindakan pemeriksaan.
Artikel ini disusun berdasarkan Undang-Undang KUP, PMK Nomor 15 Tahun 2025, dan ketentuan pelaksanaan yang berlaku pada tanggal publikasi. Penerapan pada kasus tertentu perlu ditelaah berdasarkan fakta, dokumen, dan ruang lingkup pemeriksaan yang relevan.